医療費控除 計算ツール｜いくらから？還付金の早見表【令和8年分・ふるさと納税対応】

このツールで扱わないこと

• 実際の還付金額：還付金は「源泉徴収税額等 − 申告で計算した税額」です。年末調整済みの源泉徴収税額を入力する欄がないため、結果は「医療費控除による所得税の減少額」の目安です。
• 補填額が対象の医療費を超えるケース：保険金等の補填額は、その給付の対象となった医療費が上限で、引ききれない分は他の医療費から引けません。補填額を項目ごとに入れる欄はないため、対象の医療費まで数えた合計を入力してください。
• 自治体ごとの住民税率：住民税の軽減は標準税率（市6%・県4%、政令指定都市の区分は使わない）で計算します。超過課税・独自の減免がある自治体の額とはずれることがあります。
• 扶養控除・配偶者控除・生命保険料控除・住宅ローン控除など：基礎控除と社会保険料控除だけを差し引いた独身・扶養なしの概算です。
• セルフメディケーション税制の控除額：通常の控除との比較は、それぞれの額を自分で出して選びます（下の解説）。
• 他の所得（事業・不動産など）がある人：給与収入だけで総所得金額等を求めます。

医療費控除はいくらから？（10万円と所得5%の使い分け）

医療費控除が出るのは、1年間（1月〜12月）に払った医療費から保険金などで補填された額を引いた金額が、10万円を超えたときです。ただし、その年の総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく総所得金額等の5%を超えたところから対象になります（国税庁 No.1120）。給与だけの人なら、年収が約298万円を下回るあたりから、足切り額は10万円より小さくなります。

※ 給与収入のみ・給与所得控除後の金額を総所得金額等として計算（他の所得がある人は合計で判定）。年収の区切りは給与所得控除（国税庁 No.1410）の改正で変わります。

たとえば年収250万円の人は、足切り額が83,500円なので、医療費が10万円に届かなくてもこの額を超えた分は控除の対象です。反対に、年収が高い人は医療費が10万円を超えない限り申告しても控除は出ません。自分と生計を一にする配偶者・その他の親族のために、あなたが支払った医療費は合算して申告できます（合計が基準額を超えるかで判定します。支払った人が申告する人です）。

医療費と年収でみる還付額の早見表（令和8年分）

医療費の合計（保険金等の補填なし）と年収ごとに、医療費控除による所得税の負担減と翌年度の住民税の軽減額の合計の目安を示します。「−」は医療費が足切り額以下で、控除が出ない組み合わせです。

※ 独身・扶養なし・社会保険料は協会けんぽ・東京都（令和8年度 9.85%）・40歳未満・賞与なし（年収÷12を毎月の報酬とみなす）で、標準報酬月額の等級表から計算しています（厚生年金は標準報酬月額65万円で頭打ち）。所得税は確定申告で計算し、実際の還付金は源泉徴収税額等との差になります。住民税の軽減は翌年度の住民税から差し引かれる形で反映され、控除前後の所得割の差（標準税率・調整控除と100円未満の切捨て込み）です。実際の金額は他の控除・社会保険料の実額で変わります。年収や補填額を変えて確かめるときは上の計算ツールをお使いください。

住民税の軽減がいつ・どう反映されるか、5年前までさかのぼって申告したときの合計は医療費控除の住民税の減額で、申告書の書き方は確定申告の医療費控除 書き方・手順ガイドで確かめられます。

医療費控除はいつからいつまで申告できる？（令和8年分）

確定申告の期間は、原則として翌年2月16日から3月15日までです（国税庁 No.2020）。令和8年分（2026年1月〜12月に払った医療費）は、原則どおりなら2027年2月16日から2027年3月15日までです。実際の受付日程は国税庁が毎年発表します。

医療費控除のように税金が戻る還付申告は、確定申告期間とは関係なく、翌年1月1日から5年間提出できます（国税庁 No.2030）。令和8年分なら2027年1月1日から5年間です。忙しい時期を避けて早めに出す、あるいは申告を忘れていた過去の年分をさかのぼって出す、といった使い方ができます。ただし、期限が法定申告期限（原則3月15日）までと決まっている特例（青色申告特別控除など）を使う場合は、還付申告でも期限までに出す必要があります。

医療費控除の計算のしくみ

医療費控除額は以下の計算式で求められます：

医療費控除額 ＝（実際に払った医療費 − 保険金等の補填額）− 足切り額
足切り額 ＝ 10万円 と 総所得金額×5% の低い方
上限：200万円

年収が低いほど「総所得×5%」が10万円を下回るため、足切り額が小さくなり控除を受けやすくなります。

還付金の計算例（所得税の負担減と住民税軽減の目安）

※ 概算値。保険金補填なし・扶養なし・独身のケース。所得税の負担減は「医療費控除を引く前の所得税額」−「引いた後の所得税額」（＝差分方式）で算出しています。実際の還付金は源泉徴収税額等との差です。控除額に税率を掛けるだけの簡易式は、控除が税率区分（5%・10%・20%…）の境界をまたぐと誤差が出るためです。課税所得は年収 − 給与所得控除 − 基礎控除 − 社会保険料控除（協会けんぽ・東京都・令和8年度・40歳未満・賞与なしの等級表で計算）で求めています（国税庁 No.2260 の速算表は課税所得に適用するため）。年収250万円は総所得金額等が200万円未満のため足切り額が「総所得金額等の5%（83,500円）」になります。

税率区分の境界をまたぐ例（年収539万円）。課税所得は約205.4万円で、控除10万円なら195.4万円（10%区分のまま）、控除20万円なら185.4万円（5%区分）と、控除が195万円の境界をまたぎます。 このとき「控除額×税率」で計算すると 20万円×5%×1.021＝10,210円にとどまり、税額の差分で求めた額と一致しません（参考: 控除10万円のときは10,200円）。 正しくは 所得税110,100円 − 94,600円 ＝ 15,500円です（またいだ上側の10.4万円は10%、下側の9.6万円は5%で効くため）。

ふるさと納税と医療費控除の組み合わせ注意点

医療費控除で確定申告をする場合、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になります。ふるさと納税分も確定申告で申請する必要があります。また、医療費控除を受けると課税所得が下がるため、ふるさと納税の上限額もわずかに下がります。

注意: ワンストップ特例を使っていた場合、医療費控除で確定申告をすると自動的にワンストップ特例が無効になります。ふるさと納税の寄付金受領証明書も確定申告に添付してください。

医療費控除とセルフメディケーション税制の選択適用

セルフメディケーション税制とは、特定一般用医薬品等（スイッチOTC等）の年間購入額が1万2千円を超えた場合に、超えた金額（最高8万8千円）を所得控除できる、医療費控除の特例です。令和8年度税制改正で適用期限が見直されました。スイッチOTC医薬品は期限なし（恒久化）、それ以外の医薬品は令和13年12月31日まで5年延長で、見直し後の対象範囲は令和9年1月1日から適用されます（改正後の租税特別措置法第41条の17第1項）。厚生労働省の検討会では、痩身・美容目的で使われる可能性がある医薬品（防風通聖散・大柴胡湯）を対象から外し、令和9年1月1日から令和12年12月31日までを経過措置期間とする方針がまとめられています。令和8年分（2026年中の購入）の対象は国税庁 No.1129 でご確認ください。

通常の医療費控除との選択適用であり、同じ年に両方を併用することはできません。「医療費が10万円を超えるかどうか」では決まらず、2つの控除額を計算して有利な方を選びます。通常は（医療費−補填額−足切り額）、セルフメディケーションは（特定一般用医薬品等購入費−12,000円・最高88,000円）です。たとえば医療費11万円のうち対象薬が10万円なら、通常は1万円、セルフメディケーションは88,000円になります。適用には、申告する本人が健康診断・予防接種などの「一定の取組」を行っている必要があります（家族が行っているだけでは足りません）。選択後に更正の請求や修正申告で変更することはできません（国税庁 No.1129）。

医療費控除の対象になるもの・ならないもの

e-Tax・マイナポータル連携で医療費控除をもっと簡単に

マイナンバーカードを使ったe-Taxによる確定申告では、マイナポータル連携で医療費通知情報（XMLデータ）を自動取込できます。健康保険組合等が発行する医療費通知のデータが申告書に自動入力されるため、領収書を1枚ずつ入力する手間が省けます。

• 対象: マイナンバーカード所持者のe-Tax申告（スマホ・PCどちらも可）
• 取込可能時期: 原則2月9日以降（申告年分1月〜12月の1年間分）
• 自動入力対象外: はり・きゅう・柔道整復療養費等は手入力が必要
• 領収書の保存: 医療費通知（医療保険者発行、またはe-Taxで送信する医療費通知情報のXMLデータ）に含まれる分は保存不要です。通知に含まれない分や、画面・PDFを印刷して添付した分の領収書は、確定申告期限等から5年間の保存が必要です（国税庁 No.1119・No.1120）

「対象になるもの・ならないもの」は国税庁 No.1122 を要約したもので、個別の可否は同ページと税務署の案内で確認してください。

参考公的ソース

• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「No.1119 医療費控除に関する手続について」（医療費通知・領収書の5年間保存）
• 国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」
• 国税庁「No.1125 医療費控除の対象となる介護保険制度下での施設サービス等の対価」
• 国税庁「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）」
• 国税庁「確定申告特集 セルフメディケーション税制」
• 国税庁「医療費控除を受ける方へ」令和7年分確定申告特集
• マイナポータル「医療費通知情報データ（XMLファイル）の取得方法」

主要根拠リンク（出典バッジ）: 出典: 国税庁 No.1120 (2026/5/9確認) 出典: 国税庁 No.1129 (2026/5/9確認) 出典: 厚生労働省 (2026/5/9確認)